片段长度多态性(RFLP)、简单序列重复(SSR)和单核苷酸多态性(SNP)等遗传标记为个体生物提供了独特的标识符。这有助于识别植物中的重要遗传变异，从而使现代植物育种能够选择优良的作物品种。下一代测序(NGS)增强了作物的标记辅助选择或回交育种，这是将所需性状转移到另一个基因组的有利遗传背景中。

然而，由于其昂贵的性质和广泛的数据处理要求，NGS不适用于筛选大量作物植物，尤其是在中小型育种者中。评估这些人群中理想的遗传性状的更具成本效益和效率的解决方案是SNP阵列。这些芯片嵌入了与基因样本相互作用的DNA探针，能够检测两个或多个植物样本之间的数十万种变异。

中国农业科学院王文生副教授及其研究团队利用这种方法的潜力，创建了一个包含超过56,606个水稻遗传标记的SNP阵列。

“在全球范围内，超过26亿人以大米为主食。我们研究开发的基因芯片可以成为育种者选择更美味、更美味的优质、新型、优质水稻品种的有效工具，耐盐，抗病虫害，”王分享道。“此外，基因芯片还可以用于各种基因研究。”

研究人员通过收集属于来自世界各地的3,024个水稻样本的基因样本并对其进行测序，开发了定制SNP阵列。从该样本的超过1890万个高质量SNP中，大约250万个多态性SNP被识别并保留在阵列设计中。然后将这些SNP打印在具有四种设计的基因分型芯片平台(Affymetrix)上。

该阵列的有效性通过使用一组具有代表性的192个水稻品种进行了测试，结果令人印象深刻。平均而言，它正确识别了99.6%的相关基因组，同时还展示了高密度和均匀覆盖，两个相邻SNP之间的平均距离为6.7-kb。此外，从该平台获得的数据提供了比其他先前开发的阵列更多的遗传变异信息。该小组在作物杂志上报告了他们的发现。

“Rice3K56可以帮助中小企业以不那么主观、省力的方式选择优质水稻品种，”王说。“我们的工作使基因分型更加机械化和流线化，从而提高了效率和准确性。从长远来看，这不仅可以确保粮食安全，还可以确保大米口味的多样化。”

来源：飞机E族，原载地址：http://tech.feijizu.com/tech/20230426/534.html欢迎分享本文！